Der Name des 1186 erstmals urkundlich erwähnten Ortes Calcophe weist auf eine Kalkbrennerei hin. Bereits im 14. Jahrhundert gehörte Kalkofen zur Herrschaft von Hohenfels, deren Besitzgeschichte der Ort teilt. Seit 1975 ist Kalkofen ein Ortsteil der Gemeinde Hohenfels. Die Gemarkungsfläche beträgt 839 ha.

Sehenswert in Kalkofen ist die Eulogius-Kapelle (eigentlich St.Eligius, im Sprachgebrauch zu Eulogius geworden) von 1696, umgestaltet 1760. Neben der Kapelle befindet sich das Haus Schernegg aus dem Jahre 1723, mit dem Wappen des Deutschordens-Landkomturs J. Fr. von Reinach.

Das Schloss Hohenfels ist Namensgeber der Gesamtgemeinde und liegt auf der Gemarkung Kalkofen. Siehe auch die Informationen unter Schloss Hohenfels